Die Schulleitung führt die Schule in pädagogischer, personeller, organisatorischer und administrativer Hinsicht. Die Schulleitung besteht aus fünf Mitgliedern.

Andreas Dominic Näf                                          
Co-Rektor                                                            
Gesamtleitung Organisation                                
andreas.naef@schule-muenchenstein.ch                       

Salome Zumbrunn 
Co-Rektorin
Gesamtleitung Pädagogik
salome.zumbrunn@schule-muenchenstein.ch

Corinna Brunetti                                                
Konrektorin                                                          
Leitung 1. Zyklus                                                 
corinna.brunetti@schule-muenchenstein.ch                   

Dominic Schelbert
Konrektor 
Leitung 2. Zyklus 
dominic.schelbert@schule-muenchenstein.ch

Noemi Ziltener
Konrektorin
Leitung Schulentwicklung
noemi.ziltener@schule-muenchenstein.ch